Stage Data Scientist H/F

Réf. 1194628 - publié le 27 décembre 2024

Informations générales

Missions

Centre Léon Bérard vous propose une offre de stage dans les domaines Informatique, télécom, Sciences, technologies, Agroalimentaire, Bases de données, Bâtiment, travaux... à Lyon.

Le Centre Léon Bérard (CLB) est LE pôle de référence régional en cancérologie.

Membre de la Fédération UNICANCER, nous sommes à la fois un hôpital et un centre de recherche.
A ce titre, nous assurons 3 missions essentielles :

- Les soins : nos équipes soignantes prennent en charge plus de 40 000 patients par an, avec des soins personnalisés et innovants.
- La recherche : nos 600 chercheurs travaillent quotidiennement sur notre site, couvrant les domaines de la recherche fondamentale, translationnelle et clinique.
- L’enseignement : chaque année, nous assurons la diffusion des savoirs et formons près de 700 personnes.

Nous recrutons un Data Scientist (H/F) en stage pour rejoindre notre équipe Data à Lyon 8ème, dans le cadre du projet "Multi-agent pour le soutien à la décision clinique dans les réunions de concertation pluridisciplinaire en oncologie moléculaire".

Les avancées récentes en IA appliquées à l’oncologie ont conduit à l’exploration des systèmes multi-agents pour le soutien à la décision clinique. Pour une vue d’ensemble, voir cet https://authors.elsevier.com/sd/article/S266677622400231X.

Cependant, une étude récente a mis en évidence certaines limites dans des cas cliniques spécifiques, tels que les urgences abdominales, tout en proposant un code open-source disponible ici : https://github.com/paulhager/MIMIC-Clinical-Decision-Making-Framework/tree/main.

Au Centre Léon Bérard (CLB) et au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), nous souhaitons adapter ces outils pour orienter les patients atteints de cancer vers des traitements personnalisés, basés sur l’analyse moléculaire de leur cas.

Notre approche se distingue par les spécificités suivantes :

- Utiliser la RAG et/ou des donées web provenant de PubMed et d’autres ressources éducatives pertinentes pour chaque cas clinique.
- Utiliser d’autres agents comme l’analyse d’images de scanners (par ex. MedSam, ou https://arxiv.org/abs/2405.12971) ou d’analyses pathologiques numériques (https://www.nature.com/articles/s41586-024-07618-3), ainsi que des données moléculaires (CGI-clinics), etc.
- Adapter notre base de données de cas cliniques synthétiques pour qu’elle soit compatible avec le code.
- Personnaliser le « prompting » au domaine spécifique de l’oncologie.

Pour réaliser ce projet, l’étudiant(e) bénéficiera d’un encadrement par une équipe composée d’un Data Scientist expérimenté, d’un ingénieur, de médecins en formation et d’un coordinateur.
Les données utilisées seront des cas de patients (non identifiables).

Objectifs du stage :
- Maîtriser et adapter le code existant aux besoins spécifiques de notre tâche et aux formats de données disponibles.
- Réaliser une évaluation préliminaire des performances des outils.

Livrables :
- Code adapté et documenté.
- Preuve de concept sur quelques cas patients synthétiques.
Une perspective possible serait d’étendre l’évaluation aux données réelles de patients en interne au CLB.

Profil

Nous recherchons un(e) étudiant(e) souhaitant réaliser un stage de fin d'études.

- Compétences techniques : bonne connaissance de Python et des bibliothèques associées (https://github.com/paulhager/MIMIC-Clinical-Decision-Making-Framework/tree/main).
- Aptitudes personnelles : capacité à travailler de manière collaborative et autonome, curiosité et esprit de recherche scientifique.

Postuler

Nom du recruteur : SHERWIN Rebecca